مركز تحقيقات محيط زيست دانشگاه علوم پزشكي اصفهان، از بدو تأسيس تاكنون، مفتخر به دريافت رتبه‌ها و افتخارات متعددي گرديده كه از جمله‌ي آن‌ها مي‌توان به موارد زير اشاره نمود:
- طرح پژوهشي برتر و دريافت جايزه از معاون محترم وزير (وقت) صنايع در اجراي طرح مشترك با شركت سهامي ذوب‌آهن اصفهان (۱۳۸۹)
- كسب رتبه سوم كشوري از بين مراكز تحقيقاتي غير باليني فاقد رديف بودجه در ارزشيابي سال ۱۳۸۹
- برگزيده شدن كارشناس پژوهشي مركز به عنوان محقق جوان برگزيده هفدهمين جشنواره علوم پزشكي رازي
- معرفي مركز تحقيقات محيط زيست به عنوان يكي از مراكز تحقيقاتي برگزيده در مراسم معرفي برگزيدگان پژوهشي آذرماه ۱۳۹۰